早在以农业起家、重视农耕的周代，官方就规定了四时祭祀马神的制度。《周礼· 夏官· 校人》载，周代礼制春天祭祀马祖，所谓马祖神，指的是天驯星，晋人郭璞《马赞》云：“马出明精，祖自天驰。”天驯星即房星，古人认为房星灵气所感，地上才会有马。夏天祭祀先牧神，所谓先牧，就是最早教人放牧的人，夏天草木繁茂，正是放牧的大好时光，理当缅怀牧人先祖的恩德，祭祀先牧神灵。秋天祭祀马社神，关于马社的来历，向来有两说：一说马社是第一个骑马的人，一说马社就是住在马厩里的神，祭祀马社为了使马能安居其所。冬天则祭祀马步神，据说马步是兴灾害马的神，人们为了保护马无病无灾，只得屈从讨好马步，在马厩里供奉祭祀，乞求神灵保佑马匹平安无灾。一年四季按时祭祀众位马神，祈求马儿繁衍旺盛。后世历代都有祭祀马神的制度，只是祭祀方式逐渐演变有所不同。
明太祖朱元璋曾命祭祀马神，特令太仆寺主持；明成祖朱棣迁都北京后，即令建马神祠，由官方礼祭，各府州县官吏每年也要祭祀马神。明人陆容《寂园杂记》载：“今北方府州县官凡有马政者，每岁祭马神庙，而主祭者皆不知所祭之神。尝在定州，适知州送马神肺，因问所祭马神何称？云称马明王之神。”一些负责马的官吏只知祭祀，却不知马神的来历，说不清马神究竟为何神。定州知州回答了这个问题，称马神是马明王之神：所谓明王，清人翟颧《通俗编》云：“明王，乃神之通号〕 ”民间也流行马神信仰，马神庙遍布全国各地，由于明代先是实行马政制度，由官方设机构专门养马，后废马政改为民间论户、论人、计地养马，马户们为了上交马匹，便祭祀马神，祈求神灵保佑自家养的马肥壮，以期完成上交任务。
清代祭祀马神风俗大盛不衰。满人以骑射起家，于马＿上得天F ，对马神极为崇敬，祭祀马神的传统世代保留下来。清人福格《听雨丛谈· 祭马神》云：“今满州祭祀，有祭马祖者，或刻木为马，联络而悬于祭所，或设神像而祀”有清一代，官方和民间都在每年农历六月二卜三日祭祀马神：这一天，凡是与马有关的官方机构如专管御马的上驯院、掌管牧马事务的太仆寺以及素有骑兵的营翼衙门的大小官吏，都要上马神庙毕恭毕敬地祭祀马神，礼献祭品，极尽祀神之礼。民间车夫亦于这一天祭祀马神。清人蒋芷济《都门识小录》载：
六月二十三日，内外骡车夫皆酸钱以祭马王，是日车价，昂至数倍，向客婪索，名曰“乞福钱”。其祭品用全羊一腔，不用猪，谓马王在教，不享黑牲肉也。其像则四臂三目，狰狞可怖其神牌则书“水草马明王”字样。
从中看出当时祭祀马王的整个情形。而农家祭祀马王则别有意图。农家视马王为掌管一切家畜的神灵，家畜有病祭祀马王攘灾祛病，没病祭祀祈求马王保护家畜平安。清代浙江余杭纸马《六畜五圣》，图中正坐，穿圆领官衣，手抱如奉祀马王佑牲畜
意，头生三日的即马王，图下有人牵牛牧羊，具体地反映了祭祀马王祈求六畜平安的信念。而河南朱仙镇《牛王马王》的寓意一目了之，就是祈求神灵保佑槽头兴旺。
马神，俗称马王，又称马祖、马明王、马王爷、水草马明王，是主掌和保佑六畜的神灵（民间各地祭祀马王时间大都在马王诞日六月二十三日，又称马王节，多在马王庙举行，亦有在马号、马厩祭祀、在民间画家想象中，马王是赤面虫上髯，四臂三目，身披恺甲，执刀持戟，狰狞可怖，各地马王之像，大都相似。大多神像均题“马王”，亦有神像题作“水草马明王”，还有马王与牛王并坐的神像，大多马王神像下上面马一牛，说明马王是家畜的保护神，因此虔诚地敬祀马王，祈求马王降福于人，保佑家畜膘壮无恙，正是人们祭祀马王的目的。马王到底何许人也，除了“马祖为天骊（房星）”外，一说为汉武帝时金日碑，大概与这个匈奴王子归汉后专门养马有关；，一说为殷封王之子殷郊，《封神演义》描写他三头六臂，青面撩牙，脸有三目。或许其长相、装束与马王颇似缘故，人们加以附会。不管是谁，反正马王是人们心目中的神灵。
