根据奇门遁甲的象、数、理模型，以奇门遁甲的九宫摹拟人体，以离九宫代表头部，巽四宫代表左臂，坤二宫代表右臂，震三宫代表左肋、左腰，兑七宫代表或肋、右腰，艮八宫代表左腿，乾六宫代表右腿，坎一宫代表泌尿生殖系统。
结合八卦五行属性，奇门遁甲的内盘外盘，又以离九宫在外代表头部、眼部、面部；离为火，在内代表心脏、心血管、脑血管等。坤二宫在外代表或耳、或臂、或手、人体肌肤；坤属土，在体内又主脾胃、食道、胰脏等消化系统。巽四宫在外代表左耳、左臂、头发；巽为木，主风，在体内又代表肝胆、血管、经络、气血等。震三宫在外代表左肋、左腰，震为足，又代表足部；震属木，在体内又代表肝胆、左肺等。兑七宫在外代表或肋、右腰，兑为口，故又代表嘴、舌头、牙齿等；兑属金，在体内又代表肺部、气管、或肺等。艮八宫在外代表左腿、左脚，艮为山，在面部又代表鼻子；艮属土，在外又代表肠胃消化等系统。乾六宫在外代表右腿、右脚，乾为天为首，又代表头部；乾属金，在体内又代表脊髓、筋骨、大肠。坎一宫在外代表男女外阴部，坎属水，在体内又代表肾脏、膀胱，内分泌系统。
预测疾病时以九星中的天芮星为疾病的主要代表符号，同时兼看八门中的死门、伤门、惊门、杜门、景门等，还要看天芮星所临的三奇六仪，以及上乘八神状况，据此来判断疾病的性质和部位，再根据奇门格局的吉凶，节气时令的旺相休囚以及与求测者本人的生克情况，综合判断疾病的轻重，发展态势及预后情况。
在疾病预测中，并以天心星和乙奇为医生和医药的代表符号，看其所落之宫与疾病星天芮落宫的生克关系，并以此来判断治疗的效果如何。
